Miris urina zdravog i dobro hidriranog subjekta obično je "sui generis" i kao takav nema loših mirisa. Zapravo govorimo o normalno aseptičnoj tekućini koja sadrži promjenjive koncentracije otpadnih tvari ovisno o prehrani, zdravstvenom stanju i hidrataciju i unos bilo kakvih lijekova.
Loš miris u urinu stoga može biti znak patoloških stanja, ali ne nužno.
(koje također mijenjaju boju, pomičući je prema svijetlozelenoj), cvjetaču i češnjak obično prati urin neugodnog mirisa.(jer otopljene tvari odgovorne za loš miris povećavaju njihovu koncentraciju; urin tako poprima osobito tamnu boju i karakterističnu aromu amonijaka);
Cistitis, urinarne infekcije, pijelonefritis (infekcije bubrega), uretritis, prostatitis i vaginitis (u ovom slučaju problem ne mora biti povezan s mokraćnim putovima, s obzirom na anatomsku blizinu - za više informacija vidjeti: miris rodnice);
Zatajenje jetre;
Dijabetička ketoacidoza i ketonurija (također tipične za produljeni post, popraćene obilnom mokraćom slatkastog mirisa, slično acetonu);
Rektovaginalna fistula;
Fenilketonurija (rijetka bolest prisutna od rođenja);
Uzimanje dodataka vitamina B-6
Metabolički poremećaji;
Bolest urina u javorovom sirupu (rijetko);
Trimetilaminurija ili sindrom ribljeg mirisa (rijetko);
Neki lijekovi također mogu promijeniti miris urina, uključujući neke antibiotike poput amoksicilina, ampicilina, nitrofurantoina, ciprofloksacina, norfloksacina, ofloksacina i trimetoprima.
Uzroci lošeg mirisa urina mogu se istražiti jednostavnom analizom urina i kulturom (kako bi se pronašle bakterijske infekcije).