Miris izmeta uglavnom je povezan s truležnim procesima koji utječu na aminokiseline izbačene iz crijevne apsorpcije. Ove hranjive tvari zapravo presreću bakterije debelog crijeva, podvrgavajući se procesu dekarboksilacije koji proizvodi sljedeće otrovne amine:
arginin → agmatin
cistin i cistein → merkaptan
histidin → histamin
lizin → kadaverin
ornitin → putrescin
tirozin → tiratina
triptofan → indol i skatole
Mnoge od tih tvari daju stolici posebno neugodan miris. Stolice postaju prilično neugodne čak i kada ostanu u crijevima dulje vrijeme, kao i u gore spomenutim slučajevima malapsorpcije (celijakija, insuficijencija gušterače, crijevne infekcije, Crohnova bolest, ulcerozni kolitis, sindrom kratkog crijeva, cistična fibroza, jetra bolesti i bolesti bilijarnog trakta i želuca popraćene hipoklorhidrijom). Kad se malapsorpcija uglavnom sastoji od bjelančevina, miris izmeta je mučan, dok postaje trpak i prodoran kada velike količine neapsorbiranih ili loše probavljenih šećera i škroba stignu u debelo crijevo, a zatim ih fermentira lokalna flora s proizvodnjom hlapljivih masnih kiselina .
Proljev i izmet vegetarijanca imaju loš miris.
Izmet s mirisom ribe ili sperme karakterističan je za bacilarnu dizenteriju, koleru i općenito za mukoreju.
Ukratko, na miris izmeta stoga utječu prehrambene navike (količina proteina, aromatična hrana poput češnjaka ili luka itd.), Crijevna bakterijska flora, zdravstveno stanje i određene navike (poput pušenja ili žvakanja) općenito, konzumacija malih i dobro izbalansiranih obroka, bez povezivanja velikih količina "nekompatibilne" hrane (vidi disociranu prehranu), pomaže optimizirati probavne procese, smanjujući učestalost poremećaja poput meteorizma i nadutosti, te dajući stolica miris sui generis.
Svaki slučaj u kojem je loš miris stolice popraćen simptomima poput crne, katranaste ili blijede stolice, prisutnosti krvi u njoj, groznice, zimice, teških grčeva u trbuhu, obilne prisutnosti sluzi u stolici i gubitka težine.
