PH stolice je normalno neutralan ili blago alkalan (6,8 - 7,5). Kiselija stolica, fiziološka samo u novorođenčadi, može ukazivati na crijevne infekcije (Escherichia coli, Rotavirus) ili probavne smetnje, poput intolerancije na laktozu ili masti (steatoreja zbog insuficijencije gušterače ili zastoja žuči).
Na pH stolice utječu prehrambene navike ispitanika; na primjer, prehrana prekomjerno bogata mesom i mliječnim proizvodima čini stolicu alkalnijom. Gnojna crijevna bakterijska flora, naime, ruši aminokiseline koje su izbjegle apsorpciju, stvarajući otrovne i smrdljive amine; posljedično, pH izmeta ima tendenciju povećanja zbog povećane proizvodnje amonijaka. Stoga nije slučajno što je fekalni pH koji je previše alkalan, popraćen smanjenjem kratkolančanih masnih kiselina (vidi butirat), povezan s povećanim rizikom od kolorektalnog karcinoma.
Ako pH izmeta ima tendenciju povećanja u prisutnosti truležne disbioze, on se smanjuje u prisutnosti fermentacijske disbioze, čiji se uzroci mogu naći u prekomjernom unosu ugljikohidrata ili u slaboj apsorpciji istih ( celijakija). Čak i u prisutnosti "obilnog unosa lipida, u vegetarijanskoj prehrani i u duljem postu, pH stolice postaje kiseo.
Kako bi se izbjeglo iskrivljavanje rezultata ispitivanja, stolica ne smije biti kontaminirana urinom i mora se brzo hladiti kako bi se spriječilo da amonijak i trule bakterije u urinu učine fekalni pH alkalnim.