Patogeneza istražuje razvoj bolesti i lanac događaja povezanih s njom, koji korak po korak određuju morfo-funkcionalne promjene stanica i tkiva koje pripadaju zahvaćenim organima. Ove promjene mogu biti uzrokovane kemijskim, fizičkim ili biološkim uzročnicima (virusi, bakterije itd.).
Stoga bismo mogli definirati patogenezu kao mehanizam pomoću kojeg etiološki uzročnik (uzročnik, na primjer bakterija ili zračenje) određuje bolest. Nije slučajno što izraz patogeneza potječe od sjedinjenja grčkih riječi patos, "bolest", npr geneza, "stvaranje".
Dok etiologija definira uzroke, patogeneza proučava posljedice.
U čitanju medicinskih tekstova stoga možemo naići na pojmove kao što su: mikrobna patogeneza, upalna patogeneza, virusna patogeneza, maligna patogeneza (tendencija bolesti, obično tumora, da se progresivno pogoršava sve dok ne postane potencijalno smrtonosna). Mnoge bolesti prepoznaju različite uzročne čimbenike (multifaktorska etiologija), a još su brojniji oni koje karakteriziraju različiti evolucijski mehanizmi (višestruka patogeneza).